Nella stagione 2000/01 viene ceduto in prestito in Serie C1 al Varese, dove esordisce tra i professionisti il 1º ottobre 2000, vincendo il derby Varese-Como per 1-0. Reterà anche la sua unica partita stagionale. Nell’estate 2001 si svincola dalla Sampdoria e firma per una stagione con il Borgomanero, in Serie D, collezionando 33 presenze e stabilendo il record stagionale di imbattibilità di circa 700 minuti.
Nella stagione successiva, inizia ad allenarsi con l’Équipe Romagna, per poi trasferirsi in Portogallo allo Sporting Lisboa di Cristiano Ronaldo, dove resta per oltre due mesi per un provino. L’affare non si concretizza per un tecnicismo burocratico e nel luglio 2003 Puggioni ricomincia dal Giulianova, in serie C1. Partito inizialmente come riserva, a gennaio si guadagna i gradi di titolare, contribuendo al raggiungimento della salvezza con 18 presenze.
Nell’estate 2004 approda al Pisa; in breve ne diventa capitano e vi rimane per tre stagioni con 84 presenze, fino al gennaio 2007. Nelle prime 20 gare di campionato 2006/07 incassa solo 5 gol, ed è il portiere meno battuto d’Europa. Il record a fine gennaio gli vale la chiamata dalla Reggina, con cui esordisce in Serie A il 4 marzo nella gara contro il Parma e giocando complessivamente 3 partite.
A luglio 2007 viene ceduto in prestito al Perugia in Serie C1 con cui disputa i play-off per la promozione in serie B e verrà premiato come miglior giocatore della stagione (35 presenze) con il premio “miglior grifone dell’anno”. La Reggina lo richiama per disputare il campionato di Serie A e gennaio diventerà titolare al posto di Campagnolo giocando tutto il girone di ritorno (17 presenze).
Nel luglio 2009 si trasferisce in prestito al Piacenza (42 presenze) confermandosi uno dei migliori portieri della serie cadetta alle spalle solo di Antonioli e Sereni. La Reggina lo richiama nella sua formazione titolare facendogli firmare il prolungamento di contratto fino a giugno 2013. Nella stagione 2010/11 disputa i play-off per la promozione in Serie A. Chiude con altre 46 presenze nell’ultima stagione in Calabria.
Ad Agosto 2011 viene ceduto al ChievoVerona, in Serie A, dove resta fino al 2015 disputando complessivamente 46 partite.
Stagione 2015/16
Il 1 luglio 2015 torna dopo quindici anni nella squadra dov’è cresciuto calcisticamente e per la quale fa il tifo, la Sampdoria.
Voto SV. Non scende mai in campo.
Stagione 2016/17
Nella stagione 2016/2017, precisamente il 22 ottobre 2016, farà il suo esordio da titolare in maglia blucerchiata nella vittoria 2-1 nel 113º Derby della Lanterna.
Gioca, a causa dell’assenza di Viviano, ben 14 partite consecutive da titolare.
A fine stagione risulta essere il portiere utilizzato maggiormente sia in campionato che in Coppa Italia e in virtù delle sue ottime prestazioni il 1º febbraio 2017 rinnova il proprio contratto fino a giugno 2019.
Voto 6,5. Voto pari al titolare per la capacità di adattamento; viene chiamato in causa dopo tre anni di panchina in una partita delicata come il derby. Difende a dovere la porta blucerchiata non facendo mai rimpiangere il titolare. Calo quasi fisiologico nel finale, come il resto della squadra.
Stagione 2017/18
Inizia la stagione 2017/2018 da titolare giocando le prime 9 partite di campionato e le prime 3 di coppa Italia per poi essere ceduto nel mercato invernale.
Voto 6-. Ci ha messo sempre il cuore ma ovviamente le capacità sono quelle che sono.
Rendimento numerico nella Sampdoria
Il 31 gennaio 2018 si trasferisce a titolo definitivo al Benevento. Esordisce il 4 febbraio nel derby col Napoli. Il 21 aprile è assoluto protagonista nella prima storica vittoria esterna in A del Benevento (contro il Milan). Rimasto anche in Serie B, nel 2018/19 disputa le prime nove partite del girone di andata, per poi non essere più convocato per tutto il girone di ritorno. Il 17 luglio 2019 rescinde il proprio contratto col club dopo 25 presenze complessive.
Il 29 novembre 2019 firma un contratto con la Vis Pesaro, club di Serie C, legato alla Sampdoria da un solido rapporto di collaborazione, fino a giugno 2021. Dopo 11 presenze però viene messo anche qui fuori rosa dalla società.
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